Initialement dénommé « Dai Nippon Kaju », signifiant « la grande fabrique de jus japonais », la société adoptera définitivement le nom de Nikka Whisky en 1952, un diminutif de NI-ppon et de KA-ju, même si ce nom apparaît déjà sur les étiquettes du premier whisky lancé en 1940.

Masataka Taketsuru, issu d'une famille productrice de saké, a eu un parcours d'étude (chimiste de formation spécialisé dans la fermentation céréalière) et professionnel consacré au whisky. Il fit un passage en Ecosse, à partir de 1918, où il travailla dans plusieurs distilleries pour le compte de la société Settsu Shuzo d'Osaka. Son rêve de créer son propre whisky dans son pays d'origine est né de ce voyage. Il travaillera par la suite pour Kotubukiya (qui deviendra Suntory, l'autre grand acteur du whisky japonais) lors de son retour au Japon en 1920. La première distillerie, Yoichi, est fondée 1934 sur l’île de Hokkaido. Son succès permet d’établir une deuxième en 1969 près de Sendai : Miyagikyo. C’est à partir des single malts de ces deux distilleries que le groupe Nikka Whisky décline toute sa gamme de whiskies japonais qui sont désormais une référence dans le domaine du Whisky Japonais. Ce n'est que plus tard en 1952, que le nom de Nikka Whisky sera utilisé.

C'est désormais Koichi Nishikawa qui est à la tête de Nikka, et son travail lui a fait remporter le titre de Manager de distillerie de l'année en 2016. La distillerie Yoichi produit des single malt, des blended et des whisky de grain.